Si administras servidores, te das cuenta de que normalmente los "cuellos de botella" se originan a menudo por culpa de las bases de datos Mysql, esto suele ser debido a que el servidor dispone de poca memoria RAM, o bien a una excesiva saturación de dominios alojados.
Antiguamente...
Reparar y optimizar Tablas de Bases de datos Mysql con SSH
